Han har lett flera stora tvärvetenskapliga forskningssatsningar, bland annat Mistra Geopolitics. Han är även en av ledarna för Virtuella Världar, som undersöker hur nya digitala tekniker påverkar politik och styrning för klimat och biologisk mångfald.
Linnér har bland annat deltagit som vetenskaplig expert i svenska delegationer till Mellanstatliga panelen för klimatförändringar (IPCC) och Mellanstatliga vetenskapliga plattformen för biologisk mångfald och ekosystemtjänster (IPBES), och var en av huvudförfattarna till IPBES bedömningsrapport om transformativ förändring (Transformative Change Assessment) 2024.
Linnér har varit expert åt flera internationella organisationer. Han har även uppdrag i flera vetenskapliga råd och nationella kommittéer med koppling till klimatförhandlingar, biologisk mångfald och globala miljöförändringar. Björn-Ola Linnér är ledamot av Kungliga Skogs- och Lantbruksakademien och styrelseledamot i Världsnaturfonden WWF Sverige.
